No existe información que aclare las razones o los motivos concretos que tuvieron los señores de Jaltepec para realizar un códice en tiempos coloniales. Tampoco hay fuentes que ayuden a comprender la historia del códice, pues el manuscrito ya se encontraba en Inglaterra a mediados del siglo XVII. Sólo se sabe que pertenecía a la colección de antigüedades del jurisconsulto John Selden, por lo que se desconocen las causas que llevaron el códice fuera de la Mixteca.
John Selden (1584-1654) fue un destacado hombre de leyes que desde joven tomó cursos en uno de los college (facultades) de Oxford y en otros colegios de abogados en Londres, pero su pronta actividad en los bufetes de abogados, notarías y asesorías jurídicas le dieron amplia experiencia y prestigio. Muy pronto estuvo colaborando en el parlamento inglés, lo que lo llevó a participar en la agitada vida política del primer cuarto del siglo XVII. John Selden también destacó en el estudio de las culturas orientales y en la filología de manuscritos hebreos, turcos, chinos y árabes. No se sabe en qué momento llegó el códice a sus manos, ni tampoco quién se lo pudo haber vendido u obsequiado, aunque es probable que la pictografía haya tenido una historia similar al Códice Mendoza, pues John Selden obtuvo este documento tras la muerte de Samuel Purchas. De tal manera, el jurista llegó a tener en su colección tres manuscritos mexicanos: el Códice Mendoza, el Selden y el Rollo Selden, estos dos últimos mixtecos. Tras la muerte de Selden, su enorme colección de casi 8 000 piezas (entre libros, manuscritos, mapas, impresos) fue llevada a la Biblioteca Bodleiana de la Universidad de Oxford en 1659 para cumplir su voluntad testamentaria.
Con respecto a los motivos que llevaron a la creación del códice en sí, Mary Elizabeth Smith postuló la hipótesis de que la pictografía fue encargada por la nobleza local de Jaltepec para dirimir un asunto legal en las cortes españolas. De acuerdo con Smith (1994, p. 115-116), la pintura se hizo para subsanar un conflicto por la posesión de una localidad disputada entre Jaltepec y Yanhuitlán hacia la primera mitad del siglo XVI. Diversos documentos mencionan que el pueblo sujeto de Zahuatlán (localizado a 8 km al norte de Jaltepec) era reclamado por Yanhuitlán como parte de su señorío, pero Jaltepec también reclamaba la misma posesión, por lo que se llevó a cabo un largo proceso jurídico en el que, aparentemente, Yanhuitlán resultó con el fallo a su favor.
Según Smith (1994, pp. 118-124), en el códice hay una serie de elementos que la llevan a sospechar que los destinatarios del manuscrito fueron autoridades españolas. En primer lugar, la autora enfatiza que la presentación de la genealogía
como una lista de reyes, en la que se destaca la atención a una sola comunidad, es un indicio de una manufactura colonial. Para apoyar su argumento, Smith menciona varios casos de códices coloniales mixtecos en donde se observa la lista simplificada de señores como, por ejemplo, los códices Egerton, Muro, Tulane, o el lienzo número 2 de Tequixtepec. Otro argumento presentado por la autora está relacionado con el formato y modo de lectura del códice. El Códice Selden, a diferencia de los manuscritos prehispánicos (incluso de los propios códices coloniales), en vez de leerse de manera horizontal tiene que leerse de forma vertical. Códices como el Nuttall, el Vindobonensis o el Colombino-Becker deben desplegarse en dirección lateral para realizar su lectura de derecha a izquierda (según el documento que se trate), en cambio el Códice Selden debe abrirse en dirección superior o vertical, ya que su lectura se realiza de abajo hacia arriba.
