Las evidencias más tempranas de ocupación humana del cerro pertenecen al Clásico Medio, entre 400 y 650 d.C. Durante este periodo, que llamamos fase Nogales, los asentamientos fueron bastante limitados en número y superficie, comparados con los que conocemos de la fase siguiente. Es verosímil que los habitantes de esta época temprana colonizaran las laderas desde la llanura aluvial de río Lerma, donde se localizaron asentamientos más antiguos. Se sabe poco sobre la naturaleza de la ocupación temprana, que ha sido sepultada por edificios más tardíos. A pesar de esta limitante fue posible explorar varios edificios de esa época en el sector más alto del sitio de Los Nogales. Algunos de ellos parecen relacionarse con actividades ceremoniales, las cuales tal vez estuvieron asociadas a los manantiales que se encuentran en el área.
La ocupación en el Epiclásico del Cerro Barajas es mucho mejor conocida porque la mayoría de los vestigios arqueológicos del cerro corresponden a este periodo. A esta ocupación la llamamos fase Barajas (650-950 d.C.). Aunque parte de los habitantes de entonces corresponden seguramente al crecimiento natural de la población, la magnitud de los asentamientos y la aparente rapidez del ascenso demográfico en el Epiclásico permiten suponer la llegada de grupos foráneos. En esta época, y en particular durante la segunda mitad de ésta (750-950 d.C.), fue cuando se establecieron la mayoría de los sitios y se construyeron los grandes conjuntos arquitectónicos. El cerro tuvo entonces un desarrollo espectacular en la arquitectura hecha con lajas de roca volcánica. Este material, que abunda en la zona, fue usado tanto en la construcción de las estructuras monumentales como en las viviendas sencillas. Respecto a la cerámica, el estudio de Chloé Pomédio muestra la existencia de una gran variedad decorativa. Finalmente, hacia 950-1000 d.C. ocurrió un abandono masivo de los sitios. Si bien hay algunos indicios de ocupaciones posteriores a esta fecha, éstas fueron muy esporádicas y se limitaron a la reocupación de algunos espacios o edificios. Los datos de que disponemos sugieren que el abandono de los sitios fue vertiginoso pero planificado. El hecho de que en numerosos edificios las puertas hayan sido sistemáticamente tapiadas apoya esta idea.
Tomado de Grégory Pereira, Dominique Michelet, Gérald Migeon, “Cerro Barajas, Guanajuato”, Arqueología Mexicana núm. 87, pp. 77 - 82.