En su mayoría, las ventanas arqueológicas fueron habilitadas por el Programa de Arqueología Urbana y otras por la Dirección de Salvamento Arqueológico y la Coordinación de Monumentos Históricos del INAH, ya sea en espacios abiertos o cerrados, en ocasiones cubiertas con vidrios templados o bien en espacios museológicos subterráneos.
Bajo del Sagrario Metropolitano hay dos tramos del muro en talud que delimita al Templo del Sol por el lado norte. En el primer tramo se observa un muro en talud con una lápida de andesita rosa empotrada, con la representación de un disco solar en el que se ve un círculo central.
Con base en las evidencias arqueológicas, es probable que este edificio haya formado parte del Calmécac (“hilera de casas”), colegio en el que eran educados los hijos de los nobles.
Los restos del Templo Mayor que mejor se conservan son los correspondientes a la etapa II, de la cual aún se puede apreciar la parte superior del basamento con sus dos capillas gemelas: la de Tláloc y Huitzilopochtli.
El museo se compone de ocho salas. Las cuatro primeras, ubicadas del lado sur, se relacionan, con el culto a Huitzilopochtli. Las otras cuatro, ubicadas en el ala norte, tienen que ver con el culto a Tláloc.
el edificio conocido como Casa del Marqués del Apartado fue construido a iniciativa del señor Francisco Manuel Cayetano de Fagoaga y Arozqueta, quien fue “apartador de oro y plata” entre 1718 y 1778
