La mayoría de las exploraciones se ha realizado mediante la excavación de túneles hacia el interior del monumento y de pozos estratigráficos en su exterior.
La zona arqueológica de Piedras Negras se extiende por 4 km2 , a lo largo del río Usumacinta, con construcciones edificadas sobre un panorama cárstico accidentado.
Es importante ponderar algunas de las semejanzas y diferencias entre el mito y la historia para poder acercarnos a varios relatos sobre los lugares o ciudades sagradas.