Después del sometimiento por las armas, siguió lo que se conoció como “reducción”, que significaba obligarlos a dejar sus antiguas normas y costumbres y adoptar el cristianismo. Fue ésta una labor relativamente fácil; sin embargo, la conversión verdadera y profunda de la conciencia y la cultura nativas nunca se pudo completar.
Entre los principales problemas de la arqueología maya están las estrategias de adaptación que permitieron el desarrollo de las ciudades del Petén, en un medio ambiente con grandes limitaciones para la explotación agrícola, el abastecimiento de agua y las comunicaciones. El estudio del medio ambiente es fundamental para entender el crecimiento y colapso de la civilización maya.