El conflicto más intenso lo padecen las lenguas pima, tohono o´odham (pápago) y las de la familia yumana, habladas en Baja California: kiliwa, kumiai, cucapá y paipai.

Los españoles, por su parte, tuvieron que aprender por lo menos náhuatl o maya, y así, en pocos años, Mesoamérica vivió una notable experiencia lingüística.

Los lingüistas saliéndose de varios métodos y recursos, han podido establecer, aunque en ocasiones sólo tentativamente, cuáles eran las lenguas habladas en diversos tiempos y lugares en Mesoamérica.